En ce qui concerne l’époque protohistorique et les traces de premiers habitants de Namibie il n’existe beaucoup de sources fiables. Une partie de mâchoire d’un otavipithecus namibiensis vieille de 12 millions d’ans, trouvé dans la mine Kombat à Otavi représente la plus vieille découverte paléontologique de cette région.

C'est dans l'actuelle Namibie que l'on trouve les traces les plus anciennes d'art rupestre sur le continent africain. Dans la grotte Apollo 11 dans les montagnes Hunsberg au sud du pays on a découvert des peintures rupestres datées de 26.000 av. J.-C. D’autres exemplaires d’art rupestre, p.ex. ceux de Twyfelfontein sont plus jeunes. On croit que des Bushmen peuplaient Namibie déjà en 3000 av. J.-C. Au début du IXe siècle, le territoire est peuplé de Namas, arrivés par l'est 1 500 ans plus tôt. En 15ème siècle les Bantous nomades, Ovambos, Kavangos et Hereros immigrent par le nord.

L’époque précoloniale jusqu’au début de 18ème siècle est caractérisée par le travail des missionnaires, p.ex. la Société des Missions de Rhein qui s’engage au sud de pays. En 1811 la première église en pierre est construite à Bethanien par le missionnaire Heinrich Schmelen. Les missionnaires sont suivis par des commerçants, chercheurs et aventuriers.

En 1840 le chef de Nama Jan Jonker Afrikaner fonde la cité Winterhoek (« le coin de l'hiver »). qui deviendra plus tard la capitale Windhoek. Une mission de La Société des Missions de Rhein y est construite bientôt et des missionnaires allemands sous la direction de Carl Hugo Hahn s'établissent également à Windhoek.

La deuxième moitié de 19ème siècle est dominée par des conflits sanglants entre Nama et Herero, qui mènent la guerre à cause de terres de chasse et pâturages très diminuées par les sécheresses persistantes. En 1880 Herero dirigés par Maharero conquièrent Windhoek. La dernière guerre entre ces deux peuples commence et va durer dix ans.

La colonisation du pays, l’enrôlement des colons et leurs envoi dans le Sud-Ouest Africain s’avère très dangereux à cause de la guerre entre Herero et Noma. Pour améliorer la situation des colons et commerçants le territoire entre le fleuve Cunene et le fleuve Orange sera placée sous la protection de l'Allemagne. En 1889, le capitaine Curt von François débarque dans le Sud-Ouest Africain à la tête d'un contingent militaire composé de 23 soldats avec pour mission d'assurer l'ordre sur le territoire et de servir d'intermédiaire entre Hereros et Namas. Il rencontre bientôt la résistance des Namas, dirigés par Hendrik Witbooi, qui s’opposent aux colonisateurs prussiens.

Le capitaine von François est remplacé en 1894 par le major Theodor Leutwein. Ce dernier parvient en 1894 à vaincre les Namas qui lui opposent une résistance acharnée. On signe un traité de paix qui durera jusqu’à 1904.

Malgré la politique d’encouragement et donations des terres bien généreuses de la part du Reich la vie des pionniers n’est pas du tout facile. En 1904 la colonie compte 200.000 habitants dont 1.000 colons allemands.

Le 12 janvier 1904 marque le début du soulèvement des Herero commandé par le chef Samuel Maharero. Les 6000 insurgés harcèlent les fermiers allemands et détruisent les infrastructures.

La situation ne change qu’après l’arrivé de renforcement du lieutenant-général Lothar von Trotha, envoyé avec pour mission d'en finir avec la révolte des Hereros et nommé commandant en chef des troupes de la colonie allemande.

Il remporte une victoire décisive à la bataille de Waterberg, le 12 août 1904. Des survivants échappés au massacre, aussi femmes et enfants, doivent s’enfuir dans le désert de Kalahari où ils meurent de soif.

Seulement deux mois plus tard ce sont les Namas qui s’insurgent au sud du pays contre les Allemands. Après avoir manqué la possibilité de s’allier aux Hereros, les Namas n’ont aucunes perspectives de gagner cette guerre, et pourtant les luttes dureront jusqu’au mars 1907, où on signe un traité de la protection.

Juste après commence le temps de la prospérité et du développement économique (dû notamment à la découverte d’or et de diamants à Lüderitz en 1908). L’exploitation des mines encourage le développement de plusieurs villes p.ex. Tsumeb, Otavi. Mais bientôt, la Grande Guerre met terme au Sud-Ouest Africain allemand. En 1915 l’armée allemande est définitivement vaincue à Khorab par le corps expéditionnaire britannico-sud-africain. Bientôt le Sud-Ouest Africain deviendra le protectorat de l'Union de l'Afrique du Sud.

Le traité de Versailles de 1919 oblige l’Allemagne à abandonner ses colonies. En 1920, l’administration du Sud-Ouest africain est confie, conformément au mandat de la Société des Nations, à l’Union sud-africaine. L’allemand n’est plus la langue officielle, beaucoup d’Allemands quittent leurs fermes, une poigné se décide d’y rester. L’Afrique du Sud installe de fermiers boers dans le pays. En 1951 les lois ségrégationnistes de l’Apartheid sud-africain seront introduites aussi en Afrique du Sud-Ouest. Avec le Plan Odendaal de 1964 à 1966 on préconise l’établissement les Homelands (les foyers nationaux ou réserves indigènes).

En 1968, l'Assemblée générale des Nations unies vote la révocation du mandat sud-africain. Cette résolution de l'Assemblée générale reste sans effet car l'Afrique du Sud ne reconnaît pas la compétence de celle-ci. Les militants de la SWAPO (South-West African Peoples Organisation) commandés par leurs président Sam Nujoma commencent la guerre libératoire contre les forces sud-africaines. La majorité des luttes se déroule à l’Ovamboland au nord du pays, le long de la frontière angolaise.

La bousculade entre l’ONU et l’Afrique du Sud ainsi que la lutte militaire libératoire de SWAPO dureront 23 ans. En novembre 1989 les premières élections libres de l'assemblée constituante ont lieu. La SWAPO est largement en tête avec 57,33 % des voix (41 sur 72 députés). En 1990 la nouvelle constitution est mise en place, Sam Nujoma est élu premier président de la Namibie, qui devient le 151 pays membre de l’ONU.

En 1993, les premiers dollars namibiens sont mis en circulation mais l'unité monétaire reste liée au rand sud-africain à cause d’étroites liaisons économiques de ces deux pays. En 1994 l’Afrique du Sud remet Walvis Bay, le seul port océanique de l’importance de Namibie, sous l’administration namibienne, ce qui représente le dernier pas du pays vers l’indépendance.